随着抗生素陆续被许多国家禁止使用，屎肠球菌等益生菌作为抗生素的替代品正在迅速发展。屎肠球菌可以起到调节动物肠道菌群结构、改善消化酶活性、改善动物生产性能、提高动物机体免疫力、改善动物血液生化指标的功效。
在养猪业中的应用

屎肠球菌等益生菌在养猪业中的应用研究较为普遍，可以起到提高猪的生长速度，改善猪健康水平的作用。黄怡等研究表明，仔猪刚出生3日龄到5日龄灌服10%灭菌脱脂奶（对照组）或含有屎肠球菌活菌的10%脱脂奶重悬液（处理组），屎肠球菌组使仔猪盲肠的乳酸菌比率升高，致病性大肠杆菌的数量和比例分别下降，腹泻率显著下降，说明口服屎肠球菌改善了哺乳期仔猪肠道菌群组成，有效的减少了哺乳仔猪肠道内病原菌繁殖。（T013）复合制剂在断奶仔猪生产中的应用，结果表明，屎肠球菌（T013）能改善断奶仔猪生长性能、调节肠道微生态环境，显著的提高断奶仔猪的日增重、降低腹泻率。从总体上看，屎肠球菌在养猪业中有着广阔的应用前景，势必可以促进养猪业的健康发展。

在家禽生产中的应用

当前家禽养殖过程中，非常容易受到大肠杆菌、金黄色葡萄糖球菌等致病病原微生物的感染。屎肠球菌等益生菌通过改善动物胃肠道微生物区系的平衡，提高营养物质利用率，提高家禽的免疫力和抵抗力等方式维持家禽的正常生长和生产。秦欢蕾等研究饮水中添加屎肠球菌及酸化剂对肉鸡饮水及采食的影响，研究结果表明，饮水中添加屎肠球菌对肉鸡的饮水量和采食量没有负面影响，并且有提高肉鸡日增重的趋势，可以有效的降低肉鸡腹泻率，提高肉鸡的生产性能。徐基利等在研究饲粮中添加不同水平的乳酸菌制剂对肉仔鸡的影响，结果表明：饲粮中添加0.2%、1.0%乳酸菌可显著提高肉仔鸡ADG、F/I（P < 0.05）；提高肉仔鸡血清中免疫球蛋白水平。